Les Archives départementales du Doubs ont choisi en 2007 Mnesys Archives pour leur première informatisation. La première étape du projet a consisté à élaborer une base d'instruments de recherche en XML-EAD grâce à la saisie dans le module de classement et la rétroconversion d'instruments de recherche Word. Ces instruments de recherche ont ainsi enrichi progressivement le portail de recherche. La seconde étape du projet a consisté à mettre en place les modules de versement, d'entrées, de récolement et de gestion des communications.

Le Conseil général du Doubs a confié à Naoned Systèmes la mise en place de la brique Système d'Archivage Électronique (SAE) de Mnesys Archives. L'intégration de la solution s'est déroulée au cours de l'automne 2010 et du printemps 2011. Depuis mars 2011, Mnesys Archives permet l'échange de données pour l'archivage avec la solution FAST de la Caisse des Dépôts grâce au standard d'échange SEDA.

Plusieurs autres types d'information ont fait l’objet, ou sont en train de faire l'objet, de flux de versement dont les dossiers de la Maison départementales des personnes handicapées qui sont versés par un flux SEDA à partir de l'application Multigest.